In Sudan, der ab 1821 unter die Herrschaft der osmanischen Vizekönige (Khediven) von Ägypten gekommen war, begann 1881 der Mahdi-Aufstand und fand 1885 mit der Eroberung Khartums seinen Höhepunkt. Seit seiner Ernennung 1892 zum Sirdar (Oberbefehlshaber) der ägyptischen Armee hatte Horatio Herbert Kitchener an der Vorbereitung der ägyptischen Armee zur Rückeroberung Sudans gearbeitet. Am 3. Juni 1884 wurde zwischen Äthiopien und Großbritannien der Vertrag von Adua, über eine engere Zusammenarbeit, geschlossen, da die Briten eine Zunahme des französischen Einflusses auf Äthiopien befürchteten. Der Vertrag verpflichtete die britisch-ägyptischen Truppen den Äthiopiern gegen die Mahdisten zu helfen. Aus diesem Grund wurde 1896 schließlich die Anglo-Egyptian Nile Expeditionary Force unter Kitchener in Marsch gesetzt. Nachdem das Problem der langen Nachschubwege behoben war, indem die Gleise der sudanesischen Bahn im großen Nilbogen wiederhergestellt worden waren, konnte die anglo-ägyptische Armee vorrücken. Nach mehreren Gefechten standen sich am 1. September 1898 die Hauptarmeen elf Kilometer nördlich der Hauptstadt der Mahdisten Omdurman in Egeiga gegenüber.
In der Schlacht kämpften in Kitcheners Armee 8.200 Briten und 17.600 Ägypter und Sudanesen. Die britisch-ägyptische Armee war eingeteilt in eine britische Division (2 Brigaden) unter Generalleutnant Sir William Gatacre und eine ägyptische Division (4 Brigaden) unter Generalmajor Archibald Hunter. Darüber hinaus verfügte der Sirdar über 10 Kanonenboote.
Die Armee der Mahdisten wurde vom Kalifen Abdallahi ibn Muhammad selbst angeführt. Sie umfasste ca. 50.000 Mann und war in Fahnen eingeteilt (Schwarz, Rot, Dunkelgrün, Grün). Damit folgten die Mahdisten der Tradition der islamischen Armeen und Karawanen zu Zeiten des Propheten Muhammad. Osman Digna, der erfahrenste der Anführer der Mahdisten, verlor seine Fahne in den Kämpfen um Tamai 1884.
Bereits im Vorfeld der Schlacht wurde Omdurman durch die Geschütze der Kanonenboote beschossen und dabei das Grab Muhammad Ahmads beschädigt. Die anglo-ägyptische Armee stand am Anfang in einer Hufeisenformation mit beiden Flanken am Nil. Zur Wüste hin wurden Brustwehre aus Dornenbüschen errichtet. Geschützt wurde die Stellung durch die Kanonenboote auf dem Fluss. Die Mahdisten hatten ihre Chance verpasst, in der Nacht anzugreifen und so die Verbündeten ihrer überlegenen Feuerkraft zu berauben. Sie begannen ihren Angriff erst am Morgen des 2. September gegen 6:30 Uhr. Dieser Angriff wurde aber im Feuer der anglo-ägyptischen Geschütze, Maxim-Maschinengewehre und Gewehre abgewehrt.
Um 8:30 Uhr befahl Kitchener die Verfolgung der fliehenden Mahdisten. Die Armee der Briten musste dafür ihren Verteidigungsring verlassen und sich außerhalb der Reichweite der Kanonenboote bewegen. Nachdem die britischen Truppen zum Gegenangriff übergegangen waren, befand sich Hector Archibald MacDonalds 3.000 Mann starke Brigade in Reserve, ca. eine Meile hinter den Hauptkräften. Hier wurde sie von 20.000 Derwischen angegriffen. MacDonald formte seine Truppen im Halbkreis und schlug den Angriff der Mahdisten, teilweise im Nahkampf, zurück. Damit rettete er den Sieg der Briten in der Schlacht. In dieser Phase kam es auch beim Angriff der 21. Lancers zu einer kritischen Situation. Der dramatische Kampf der 21. Lancers wurde durch einen Augenzeugen, den späteren Premierminister Winston Churchill, in der Morning Post beschrieben. Churchill war Offizier bei den 21. Lancers und setzte dem Feldzug mit dem Buch "The River War" (1899) später auch ein literarisches Denkmal.
Um 11:30 Uhr war die eigentliche Schlacht beendet und am Nachmittag wurde Omdurman besetzt.
In der Schlacht fielen 9.700 Mahdisten, 10.000 wurden verwundet und 4.000 gefangen genommen. 431 Briten, Ägypter und Sudanesen fielen bzw. wurden verwundet.
Für diesen Kampf wurden drei Männer der 21. Lancers mit dem Victoria-Kreuz, der höchsten Auszeichnung des Vereinigten Königreiches für überragende Tapferkeit im Angesicht des Feindes ausgezeichnet.
Die Schlacht gilt in technisch-taktischer Hinsicht als ein Wendepunkt in der Militärgeschichte, die den Übergang zwischen der Kriegsführung des 19. und des 20. Jahrhunderts besonders augenfällig markierte. Dies resultiert daher, dass einerseits in ihrem Verlauf eine der letzten frontalen Kavallerieattacken der Weltgeschichte geritten wurde; andererseits wurden von den Briten in diesem Kampf erstmals die gerade entwickelten Maxim-Maschinengewehre in größerer Stückzahl eingesetzt.
Nach der Schlacht wurden Omdurman und das vom Mahdi zerstörte Khartum besetzt, welches dann von Kitchener wiederaufgebaut wurde. Die Mahdisten flohen nach Süden. Hier kontrollierten sie bis 1899 das Gebiet von Darfur bis zur Grenze nach Äthiopien. Im Oktober 1899 entsandte Kitchener 8.000 Soldaten unter Francis Reginald Wingate um Abdallahi ibn Muhammad endgültig zu vernichten. In der Schlacht von Umm Diwaykarat in der Provinz Kordofan wurde dieser getötet.
Das zurückeroberte Land wurde nicht an Ägypten zurückgegeben, sondern 1899 als anglo-ägyptisches Kondominium konstituiert mit Lord Kitchener als erstem Generalgouverneur.
Für den Sieg in der Schlacht erhielt Kitchener den Titel eines Barons (Lord Kitchener of Khartoum and of Aspall in the County of Suffolk, 1. November 1898) und den Bathorden. Direkt im Anschluss kam es zur Faschoda-Krise.